La mission déchets a plusieurs domaines d'activités :

1. Recyclage et élimination des déchets issus de l'activité agricole (hors déjections animales)

2. Recyclage sur les terres agricoles de déchets issus d'autres activités (boues d’épuration municipales, effluents des industries agro-alimentaires, déchets verts…)

3. Veille réglementaire et technique concernant le recyclage ou l'élimination des déchets