Les indemnités accessoires sont destinées à réparer les préjudices autres que la perte de la valeur vénale du bien :

- dépréciation des terres non expropriées (si morcellement et problèmes d’accès),

- frais de clôture à refaire, 

-  frais d’acquisition de nouvelles terres (indemnité de remploi),

- perte de récolte (si prise de possession de la parcelle avant enlèvement de la récolte),

- frais de déménagement,

- troubles d’exploitation (allongement de parcours...).

Les locataires et fermiers ont droit à des indemnités accessoires particulières, distinctes de celles versées aux propriétaires, afin de compenser les préjudices qu’ils subissent personnellement, en raison de la rupture anticipée du bail.

Cette indemnité doit permettre de compenser la rupture anticipée du bail et la perte de droit au renouvellement.

L’indemnité d’éviction est généralement calculée sur la base d’une méthode forfaitaire (barème fiscal) élaborée par les services fiscaux départementaux.

Toutefois, les exploitants imposables sur leur revenu d’après le bénéfice réel ou faisant tenir leur comptabilité depuis au moins 5 ans par un organisme de gestion agréé peuvent demander à ce que l’indemnité d’éviction soit calculée à partir des données issues de leur comptabilité (selon le protocole départemental du 09/10/1997 et de l’avenant du 14/12/1998.